El Gobierno Vasco es consciente de que la realidad europea afecta cada vez de forma más directa al autogobierno vasco. La normativa comunitaria, las iniciativas y programas comunitarios tienen una relación directa con las competencias de las Instituciones Vascas. Ello, ha llevado a que dentro de la estructura del Gobierno existan foros para debatir los temas europeos y interregionales tales como:

Comité Interdepartamental de Acción Exterior
Comité de Política Regional
Comité de Acción Estructural
Red Operativa

Por otra parte, ante la imposibilidad de participación de los representantes autonómicos en determinadas Instituciones Europeas, y ante las crecientes demandas de éstos por ser partícipes en las cuestiones que les afectan, se ha configurado un órgano de encuentro entre el Estado y todas las Autonomías: la Conferencia para Asuntos relacionados con las Comunidades Europeas.

Pero dada la singularidad competencial del Estatuto Vasco, Euskadi dispone de un foro de negociación propia y diferenciada con el poder central: la Comisión Bilateral de Cooperación entre la Administración del Estado - Administración de la Comunidad Autónoma del País Vasco para Asuntos relacionados con las Comunidades Europeas.

Asimismo, en 1998, se puso en marcha la participación de representantes de las Comunidades Autónomas en la delegación del Estado en 55 Comités de la Comisión Europea, correspondiendo a Euskadi la representación de las Comunidades Autónomas en 13 de ellos.