Eusko Jaurlaritzak badaki Europako errealitateak gero eta eragin handiagoa duela euskal autogobernuan. Arautegi erkideak, ekimen eta egitarau erkideek lotura zuzena dute Euskal Erakundeen eskumenekin. Horren ondorioz, Europako eta Eskualde arteko gaiak eztabaidatzeko lekuak sortu dira Gobernuaren egituran. Esate baterako:

- Kanpo Ekintzarako Sail arteko Batzordea
- Eskualde Politikarako Batzordea
- Egitura Ekintzarako Batzordea
- Sare Eragingarria

Bestetik, autonomia ordezkariek Europako Erakunde jakin batzuetan parte hartzerik ez dutenez, eta eurekin zerikusia duten gaietan parte hartu nahi dutela behin eta berriz eskatu dutenez, Estatuaren eta Autonomia guztien arteko elkargune-organoa eratu da: Europako Elkarteekin zerikusia duten Gaietarako Biltzarra.

Dena dela, Euskal Estatutuaren eskumenak bereziak direnez, Euskadik botere zentralarekin negoziatzeko berezko eztabaida-leku berezitua du: Estatuko Administrazioaren eta Euskal Autonomia Erkidegoaren arteko Lankidetzarako Aldebiko Batzordea, Europako Elkarteekin zerikusia duten Gaietarako.

Era berean, 1998an, Autonomia Erkidegoetako ordezkariek Estatuko ordezkaritzan duten partaidetza jarri zen abian Europako Batzordeko 55 Batzordetan. Autonomia Erkidegoetako ordezkaritza egokitu zitzaion Euskadiri 13 batzordetan.